Azuqueca de Henares ist verkehrstechnisch hervorragend angebunden. Über die Autobahn A-2 (Madrid–Barcelona) und die Nahverkehrsbahnlinie C-2 ist die Stadt direkt mit Madrid verbunden – die Fahrzeit beträgt rund 35 Minuten.
Der Flughafen Adolfo Suárez Madrid-Barajas liegt nur etwa 30 km entfernt und ist sowohl mit dem Auto als auch mit öffentlichen Verkehrsmitteln schnell erreichbar. Es bestehen zudem Busverbindungen in die Nachbarstädte und ein gut ausgebautes Straßennetz innerhalb der Stadt.
Innerstädtisch profitieren Einwohner und Besucher von einem funktionierenden Busnetz, zahlreichen Fahrradwegen und einer kompakten, fußgängerfreundlichen Innenstadt.