Guernica y Luno liegt im Norden Spaniens, in der Autonomen Gemeinschaft Baskenland, rund 35 Kilometer östlich von Bilbao. Die Stadt befindet sich im Landesinneren, ist aber nur wenige Kilometer von der kantabrischen Küste entfernt. Sie liegt im Tal des Flusses Oka, eingebettet in die üppige Landschaft der Biosphärenreservats Urdaibai, einem von der UNESCO geschützten Naturgebiet.
In der näheren Umgebung befinden sich charmante Küstenstädte wie Bermeo und Mundaka – Letztere ist ein weltbekannter Surfspot. Die Landschaft ist geprägt von grünen Hügeln, Wäldern und kleinen Bergen wie dem Monte Oiz. Die Nähe zur Natur und zum Meer macht Guernica zu einem beliebten Ziel für Naturliebhaber, Wanderer und Sportler.
Das Klima ist ozeanisch, mit milden Sommern und feuchten, aber nicht zu kalten Wintern. Die regenreichsten Monate sind in der Regel der Herbst und das Frühjahr. Die beste Reisezeit für Guernica ist von Mai bis Oktober, wenn das Wetter angenehm ist und zahlreiche Veranstaltungen stattfinden.