Die Wirtschaft Guernicas ist stark durch Landwirtschaft, Handwerk und Dienstleistungen geprägt. Die Stadt ist für ihren traditionellen Montagsmarkt bekannt, auf dem lokale Bauern Gemüse, Käse, Fleisch, Honig und andere Produkte verkaufen – ein echtes Erlebnis für Besucher. Der berühmte grüne Paprika „Pimiento de Gernika“ ist ein kulinarisches Wahrzeichen der Region.
Der Tourismus nimmt eine zunehmend wichtige Rolle ein, insbesondere im Bereich des Kultur- und Erinnerungstourismus. Museen, Führungen und Workshops ziehen jährlich tausende Besucher an. Auch Naturtourismus, verbunden mit Aktivitäten in der Umgebung von Urdaibai, boomt.
Darüber hinaus existieren kleinere Unternehmen im Bereich Lebensmittelverarbeitung, Kunsthandwerk und leichte Industrie. Die Förderung lokaler Produkte und nachhaltiger Entwicklung ist ein zentrales wirtschaftliches Anliegen der Stadtverwaltung.