Jaén ist über verschiedene Verkehrsmittel gut erreichbar. Der nächstgelegene Flughafen ist der Flughafen Granada-Jaén (ca. 100 km entfernt), der nationale und einige internationale Verbindungen bietet. Der internationale Flughafen Málaga ist etwa zwei Stunden entfernt und bietet eine breite Auswahl an Flugverbindungen.
Die Stadt ist an das spanische Bahnnetz angeschlossen, mit regelmäßigen Verbindungen nach Madrid, Córdoba und Granada. Zudem gibt es ein gutes Netz an Überlandbussen, das Jaén mit vielen anderen Städten Andalusiens verbindet.
Der öffentliche Nahverkehr in Jaén besteht hauptsächlich aus Stadtbussen, die zuverlässig und günstig sind. Das historische Stadtzentrum ist sehr kompakt und lässt sich bequem zu Fuß erkunden. Für Ausflüge in die Umgebung stehen Mietwagen und Taxis zur Verfügung.