Loja liegt im Herzen Andalusiens, eingebettet zwischen den Städten Granada und Málaga. Sie befindet sich im Landesinneren, nahe der Sierra de Loja, einer Mittelgebirgskette, die sich hervorragend für Wanderungen und Naturerkundungen eignet. Der Fluss Genil, der durch die Stadt fließt, verleiht Loja zusätzlich einen landschaftlich reizvollen Charakter.
Dank ihrer zentralen Lage ist Loja sowohl von der Küste als auch von anderen Teilen Andalusiens aus leicht erreichbar. In der Nähe befinden sich bedeutende Naturparks wie die Sierras Subbéticas und der Stausee von Iznájar. Diese Umgebung macht Loja zu einem idealen Ausgangspunkt für Tagesausflüge.
Das Klima ist typisch mediterran mit kontinentalem Einschlag: heiße, trockene Sommer und milde Winter. Die besten Reisezeiten sind Frühling und Herbst, wenn die Temperaturen angenehm und die Landschaft besonders reizvoll sind.