Loja ist hervorragend an das Verkehrsnetz Andalusiens angebunden. Die Stadt liegt direkt an der Autobahn A-92, die Granada und Málaga verbindet. Diese beiden Städte verfügen über internationale Flughäfen, die Loja in weniger als einer Stunde erreichbar machen.
Der Bahnhof Loja-San Francisco bietet Anschluss an das Hochgeschwindigkeitsnetz AVE, mit Verbindungen nach Madrid, Córdoba, Granada und Sevilla. Auch Fern- und Regionalbusse verbinden Loja regelmäßig mit anderen Städten.
Innerhalb der Stadt gibt es ein kleines, aber effizientes Busnetz. Die Altstadt und viele Sehenswürdigkeiten sind gut zu Fuß erreichbar, was Loja besonders für Besucher angenehm macht. Fahrräder sind ebenfalls ein praktisches Fortbewegungsmittel.