Pamplona ist gut an das nationale Verkehrsnetz angebunden. Der Flughafen Pamplona bietet tägliche Verbindungen nach Madrid und Barcelona. Für internationale Anreisen sind Flughäfen in Bilbao, Zaragoza oder San Sebastián gut erreichbar.
Mit dem Zug ist Pamplona über die Bahnlinie Madrid–Irún angebunden. Die Fahrt von Madrid dauert etwa 3,5 Stunden. Auch Fernbusse verbinden die Stadt regelmäßig mit anderen spanischen Metropolen.
Innerhalb der Stadt gibt es ein effizientes öffentliches Busnetz. Die Altstadt ist größtenteils autofrei und lässt sich bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad erkunden. Die Stadt fördert aktiv den Fahrradverkehr mit zahlreichen Radwegen.