Berja kann auf eine lange und bewegte Geschichte zurückblicken. Bereits in der Römerzeit war der Ort unter dem Namen „Vergis“ bekannt und galt als bedeutendes landwirtschaftliches Zentrum mit Thermen und öffentlichen Bauten, von denen noch Überreste existieren. Später stand Berja unter maurischer Herrschaft, was viele architektonische und kulturelle Spuren hinterlassen hat, bevor es im 15. Jahrhundert von den Christen zurückerobert wurde.
In der maurischen Zeit florierte die Landwirtschaft dank ausgeklügelter Bewässerungssysteme, die teilweise noch heute erhalten sind. Nach der Reconquista wurde Berja ein wichtiger Ort der religiösen und sozialen Neuordnung, mit dem Bau zahlreicher Kirchen und öffentlicher Gebäude.
Kulturell ist die Stadt geprägt von tief verwurzelten Traditionen. Besonders erwähnenswert sind die Semana Santa (Karwoche), das Patronatsfest zu Ehren des Apostels Santiago im Juli sowie die Feierlichkeiten der Virgen de Gádor, Schutzpatronin der Stadt. Diese Feste vereinen Musik, Tanz, religiöse Prozessionen und kulinarische Genüsse und ziehen jährlich viele Besucher an.