El Puerto de Santa María kann auf eine bewegte Geschichte zurückblicken. Schon in der Antike war die Region besiedelt – zunächst von Phöniziern, später von Römern, die die Siedlung „Portus Menesthei“ nannten. In der Zeit der maurischen Herrschaft gewann der Ort an Bedeutung, und nach der christlichen Rückeroberung wurde die Stadt ein bedeutender Hafen für die Expeditionen in die Neue Welt.
Eine der bekanntesten historischen Figuren ist Christoph Kolumbus, der sich in El Puerto auf eine seiner Entdeckungsreisen vorbereitete. Noch heute erinnert der Castillo de San Marcos, eine ehemalige Festung auf den Ruinen einer Moschee, an diese Epoche. Die Stadt ist auch tief in andalusischer Kultur verwurzelt – mit Traditionen wie Flamenco, Stierkampf und religiösen Prozessionen.
Kulturell ist El Puerto lebendig und vielfältig. Die Semana Santa (Karwoche) mit ihren eindrucksvollen Umzügen, die Feria de Primavera mit Reitshows und Sherryverkostungen sowie zahlreiche Sommerkonzerte und Flamencoabende zeigen die kulturelle Tiefe der Stadt. Die Einwohner sind stolz auf ihre Geschichte und pflegen sie mit Hingabe.