Traditionell ist die Wirtschaft von El Puerto de Santa María stark vom Weinbau geprägt. Besonders der Fino-Sherry, der in den vielen Bodegas der Stadt hergestellt wird, ist international bekannt und ein bedeutender Wirtschaftsfaktor. Führende Weinhäuser wie Osborne oder Terry haben hier ihren Sitz und sind zugleich touristische Anziehungspunkte.
Darüber hinaus ist der Tourismus eine der wichtigsten Branchen. Die Stadt zieht jährlich tausende Besucher an, was zu einer lebhaften Hotellerie, Gastronomie und Dienstleistungsbranche führt. Zahlreiche Arbeitsplätze hängen direkt oder indirekt von den touristischen Aktivitäten ab, insbesondere in den Sommermonaten.
Auch die Fischerei und Landwirtschaft spielen eine Rolle, insbesondere in der lokalen Gastronomie. In jüngerer Zeit entwickelt sich zudem ein kleiner, aber wachsender Sektor für kreative und digitale Dienstleistungen, vor allem im Bereich Eventmanagement und nachhaltigem Tourismus.