Die Geschichte San Fernandos reicht bis in die Römerzeit zurück, als die Region ein bedeutender Knotenpunkt des Handels war. Später wurde sie von den Mauren geprägt, bevor sie im Zuge der Reconquista ins christliche Königreich eingegliedert wurde. Besonders im 18. Jahrhundert erlangte San Fernando Bedeutung, als die spanischen Cortes (das Parlament) sich während der napoleonischen Besatzung hierher zurückzogen.
Die Stadt hat eine tief verwurzelte kulturelle Identität, die sich vor allem in Musik und Festen widerspiegelt. Der Flamenco spielt eine zentrale Rolle – nicht zuletzt durch Camarón de la Isla, dessen Erbe hier mit einem eigenen Interpretationszentrum und vielen Musikveranstaltungen geehrt wird.
Zu den wichtigsten kulturellen Höhepunkten zählen die Karwoche (Semana Santa), das Stadtfest „Feria del Carmen y de la Sal“ im Juli sowie diverse Flamenco-Festivals und Konzerte im Sommer. Die religiöse und maritime Geschichte der Stadt ist allgegenwärtig – von den Kirchen bis zu den maritimen Bräuchen.