Die Wirtschaft San Fernandos ist traditionell eng mit dem Meer verbunden – von der Fischerei über die Salzgewinnung bis zur Werftindustrie. Noch heute sind die Salinen aktiv und liefern hochwertiges Meersalz, das in ganz Spanien geschätzt wird.
Ein weiterer Wirtschaftszweig ist die Verteidigungsindustrie, insbesondere im Zusammenhang mit der spanischen Marine, die in San Fernando wichtige Einrichtungen unterhält.
In den letzten Jahrzehnten hat sich auch der Tourismus als wichtiger Wirtschaftsfaktor etabliert, vor allem im Sommer und rund um lokale Festivals. Lokale Handwerkskunst, wie Keramik, bestickte Textilien und traditionelle Musikinstrumente, trägt ebenfalls zur wirtschaftlichen Vielfalt bei.