Baena liegt im Süden Spaniens, in der autonomen Region Andalusien, etwa 60 Kilometer südöstlich von Córdoba. Die Stadt befindet sich im Landesinneren und ist eingebettet in eine hügelige Landschaft, die von ausgedehnten Olivenhainen geprägt ist – ein charakteristisches Bild dieser Region.
In der Nähe liegen weitere bedeutende Städte wie Granada (etwa 90 Minuten entfernt) und Málaga (ungefähr zwei Stunden entfernt). Das Gebiet gehört zur Subbética-Region, einer Gegend mit beeindruckender natürlicher Schönheit, einschließlich des nahegelegenen Naturparks Sierras Subbéticas, der Wanderfreunde und Naturbegeisterte anzieht.
Das Klima in Baena ist mediterran-kontinental geprägt: heiße, trockene Sommer und milde Winter mit wenig Niederschlag. Die besten Reisezeiten sind das Frühjahr (März bis Mai) und der Herbst (September bis Oktober), wenn die Temperaturen angenehm sind und viele kulturelle Veranstaltungen stattfinden.