Baena ist über die Landstraßen gut mit Córdoba und Granada verbunden. Der nächste Bahnhof befindet sich in Córdoba, von wo aus regelmäßige Busverbindungen nach Baena bestehen. Die nächstgelegenen Flughäfen sind Córdoba (regional), Málaga und Sevilla, beide mit internationalen Verbindungen.
Die Stadt selbst ist kompakt und lässt sich gut zu Fuß erkunden. Für weitere Wege stehen Taxis zur Verfügung, und einige Hotels bieten Fahrradverleih an. Die Straßen sind gut gepflegt, auch in den ländlichen Gebieten rund um Baena.
Obwohl die Stadt keinen eigenen Bahnhof besitzt, ermöglicht das Busnetz eine gute regionale Anbindung. Für Besucher mit dem Auto stehen ausreichend Parkmöglichkeiten zur Verfügung.