Die Wirtschaft Baenas wird stark von der Landwirtschaft dominiert, insbesondere von der Olivenölproduktion. Die Stadt ist ein bedeutendes Zentrum innerhalb der geschützten Ursprungsbezeichnung „Denominación de Origen Baena“ und bekannt für ihr hochwertiges, vielfach ausgezeichnetes Olivenöl.
Darüber hinaus gewinnt der Tourismus zunehmend an Bedeutung. Insbesondere Agrotourismus, der Besuch von Ölmühlen und kulinarische Reisen erfreuen sich wachsender Beliebtheit. Viele kleine Betriebe und Familienunternehmen bieten Führungen, Verkostungen und handwerklich hergestellte Produkte an.
Auch das Kunsthandwerk, vor allem in den Bereichen Keramik und Holzschnitzerei, trägt zur lokalen Wirtschaft bei. Neue wirtschaftliche Initiativen konzentrieren sich zudem auf die Förderung nachhaltiger Tourismusformen und den Erhalt des kulturellen Erbes.