Fernán-Núñez liegt im Süden Spaniens, in der autonomen Region Andalusien, etwa 30 Kilometer südlich der Provinzhauptstadt Córdoba. Die Stadt befindet sich im andalusischen Hinterland, eingebettet in sanfte Hügel und von Olivenhainen und Weinbergen umgeben – ein klassisches Landschaftsbild dieser Region.
In unmittelbarer Nähe verläuft das Tal des Flusses Guadalquivir, und weiter nördlich erstreckt sich die Sierra Morena. Die geografische Lage macht Fernán-Núñez zu einem idealen Ausgangspunkt für Ausflüge nach Córdoba, Sevilla oder Granada – alle Städte sind innerhalb von 1 bis 2 Stunden erreichbar.
Das Klima ist mediterran-kontinental geprägt. Die Sommer sind heiß und trocken, mit Temperaturen über 35 °C, während die Winter mild bleiben. Die besten Reisezeiten sind Frühling und Herbst, wenn die Temperaturen angenehm sind und viele lokale Feste stattfinden. Besonders im Frühjahr zeigt sich die Landschaft in voller Blüte – ideal für Wanderungen, Radtouren und kulturelle Aktivitäten im Freien.