Die Geschichte von Fernán-Núñez reicht bis in die Römerzeit zurück, mit Spuren antiker Siedlungen in der Umgebung. Im Mittelalter stand die Region unter maurischer Herrschaft, bevor sie im Zuge der Reconquista ins christliche Königreich Kastilien eingegliedert wurde. Im 18. Jahrhundert entwickelte sich Fernán-Núñez zu einer bedeutenden Adelsresidenz mit dem Bau des imposanten Herzogspalastes.
Die Stadt hat sich ihre kulturellen Wurzeln bis heute bewahrt. Besonders lebendig wird die Tradition bei der Semana Santa (Karwoche), die mit eindrucksvollen Prozessionen gefeiert wird, sowie bei der Feria im August – ein farbenfrohes Volksfest mit Musik, Tanz, kulinarischen Spezialitäten und traditionellen Kostümen.
Weitere wichtige kulturelle Elemente sind der Flamenco, der in Bars und auf Festen dargeboten wird, sowie das religiöse und familiäre Brauchtum, das sich in vielen Feierlichkeiten widerspiegelt. Die Bewohner von Fernán-Núñez sind stolz auf ihre Geschichte und leben ihre Traditionen mit großer Hingabe.