Die Anbindung von Fernán-Núñez ist dank seiner zentralen Lage innerhalb Andalusiens sehr gut. Über die Schnellstraße A-45 ist die Stadt mit Córdoba und Málaga verbunden. Der nächstgelegene große Bahnhof befindet sich in Córdoba – von dort verkehren Hochgeschwindigkeitszüge (AVE) nach Madrid, Sevilla, Málaga und weiteren Metropolen.
Internationale Reisende erreichen Fernán-Núñez am besten über die Flughäfen von Sevilla, Málaga oder Granada, die jeweils etwa 1,5 bis 2 Stunden mit dem Auto entfernt liegen. Regionale Buslinien verbinden die Stadt mit den umliegenden Gemeinden und Städten.
Innerhalb von Fernán-Núñez bewegt man sich bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad. Für größere Entfernungen stehen Taxis oder Mietwagen zur Verfügung. Die Stadt ist übersichtlich und bietet eine entspannte Mobilität für Einwohner und Besucher gleichermaßen.