Die Wirtschaft von Fernán-Núñez ist traditionell stark von der Landwirtschaft geprägt. Besonders der Olivenanbau spielt eine zentrale Rolle – das native Olivenöl aus der Region gilt als hochwertiges Qualitätsprodukt. Auch der Weinbau ist bedeutend, mit mehreren lokalen Weingütern, die Besichtigungen und Verkostungen anbieten.
Neben der Landwirtschaft gewinnt der ländliche Tourismus zunehmend an Bedeutung. Kleine, familiengeführte Pensionen, gastronomische Touren und Handwerksbetriebe bieten authentische Erlebnisse für Besucher. Das Kunsthandwerk – insbesondere Keramik, Leder und Textilien – wird in kleinen Werkstätten gepflegt und weiterentwickelt.
Auch der Dienstleistungssektor ist auf dem Vormarsch, insbesondere im Bereich Eventorganisation, Gastronomie und nachhaltiger Tourismus. Fernán-Núñez positioniert sich zunehmend als attraktives Ziel für Investoren, die auf Authentizität und Regionalität setzen.