Puente-Genil ist hervorragend in das Verkehrsnetz Andalusiens eingebunden. Die Stadt verfügt über einen eigenen AVE-Hochgeschwindigkeitsbahnhof (Puente Genil-Herrera), von dem aus man Córdoba, Málaga und Sevilla in weniger als einer Stunde erreicht. Das macht sie besonders attraktiv für Besucher, die mit der Bahn reisen.
Mit dem Auto ist die Stadt über die Autobahnen A-45 und A-92 gut zu erreichen. Regelmäßige Busverbindungen bestehen zu den umliegenden Städten sowie zu größeren Zentren wie Granada oder Jaén. Der nächste internationale Flughafen befindet sich in Málaga, weitere Optionen sind die Flughäfen von Sevilla und Córdoba.
Innerhalb der Stadt ist die Fortbewegung unkompliziert. Es gibt ein lokales Bussystem und Taxis sind jederzeit verfügbar. Da viele Sehenswürdigkeiten fußläufig erreichbar sind, bietet sich das Erkunden der Stadt zu Fuß oder per Fahrrad an. Parkplätze sind in der Regel ausreichend vorhanden.