Aljaraque liegt im Südwesten Spaniens, in der autonomen Region Andalusien, unweit der Atlantikküste. Die Stadt gehört zur Provinz Huelva und befindet sich nur rund 10 Kilometer von der Provinzhauptstadt Huelva entfernt. Eingebettet zwischen dem Naturpark Marismas del Odiel und den Pinienwäldern der Umgebung bietet Aljaraque eine einmalige landschaftliche Vielfalt.
In unmittelbarer Nähe liegen die Strände der Costa de la Luz, die für ihren feinen Sand und ihr klares Wasser bekannt sind. Auch die portugiesische Grenze ist nicht weit entfernt – der Flughafen von Faro ist in etwa 90 Minuten erreichbar, während der Flughafen von Sevilla rund 100 Kilometer entfernt liegt.
Das Klima ist mediterran mit atlantischen Einflüssen. Die Sommer sind warm und sonnig, aber durch die Nähe zum Meer oft angenehm frisch, während die Winter mild bleiben. Die beste Reisezeit reicht von Frühling bis Herbst, insbesondere zwischen April und Oktober, wenn das Wetter ideal für Veranstaltungen im Freien, Stadtbesichtigungen oder Ausflüge in die Natur ist.