Die Wirtschaft Aljaraques basiert vor allem auf dem Dienstleistungssektor, dem Wohnungsbau sowie zunehmend auf dem Tourismus. Die Stadt dient vielen Berufspendlern als Wohnort und profitiert von der Nähe zur wirtschaftlich stärkeren Stadt Huelva.
Die Landwirtschaft spielt nach wie vor eine Rolle – insbesondere der Anbau von Zitrusfrüchten, Oliven und Gemüse. Zudem existieren kleine, handwerklich geprägte Betriebe, die traditionelle Produkte wie Keramik oder handgefertigte Textilien herstellen.
Der Handel konzentriert sich auf lokale Märkte, Supermärkte und spezialisierte Einzelhändler. In den letzten Jahren wurde vermehrt in touristische Infrastruktur investiert, etwa in die Verbesserung der Gastronomie, die Entwicklung von Naturtourismus-Angeboten und die Modernisierung von Veranstaltungsorten.