Ayamonte ist hervorragend angebunden. Der nächstgelegene Flughafen ist Faro in Portugal (etwa 65 km), ein weiterer großer Flughafen befindet sich in Sevilla (ca. 140 km). Beide Flughäfen bieten eine Vielzahl internationaler Verbindungen.
Die Stadt ist über die Autobahn A-49 bequem mit dem Auto erreichbar, sowohl aus Huelva als auch aus Sevilla. Eine direkte Straßenverbindung über die Internationale Guadiana-Brücke ermöglicht den Grenzübertritt nach Portugal in wenigen Minuten.
Innerhalb der Stadt sind die Wege kurz. Das Zentrum lässt sich bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad erkunden. Es gibt zudem ein lokales Bussystem sowie Taxis. Auch Fährverbindungen über den Guadiana bieten ein originelles und praktisches Verkehrsmittel, insbesondere für Besucher aus dem benachbarten Portugal.