Isla Cristina liegt im Südwesten Spaniens in der autonomen Region Andalusien, direkt an der Atlantikküste der Provinz Huelva. Die Stadt grenzt an die portugiesische Algarve und ist von ausgedehnten Feuchtgebieten, Lagunen und geschützten Naturlandschaften umgeben. Sie liegt in unmittelbarer Nähe zur Mündung des Río Carreras und ist von zahlreichen Kanälen durchzogen.
Nahegelegene größere Städte sind Huelva (ca. 40 km entfernt) und Sevilla (ca. 130 km), mit denen Isla Cristina gut verbunden ist. Auch Ayamonte, ein wichtiger Grenzort zu Portugal, ist nur wenige Kilometer entfernt. Die Region zeichnet sich durch eine Kombination aus Küstenlandschaften, Marschland und ausgedehnten Sandstränden aus.
Das Klima ist ozeanisch-mediterran: Die Winter sind mild, mit Temperaturen um 10–15 °C, während die Sommer warm, aber durch den Atlantikwind angenehm bleiben (25–30 °C). Die besten Reisezeiten sind Frühling und Herbst, wobei auch der Sommer durch seine Strandatmosphäre zahlreiche Besucher anzieht.