Lepe ist gut an das regionale und internationale Verkehrsnetz angebunden. Der nächstgelegene Flughafen befindet sich in Faro (Portugal) – etwa eine Stunde mit dem Auto entfernt. Auch der Flughafen Sevilla ist gut erreichbar und bietet zahlreiche Verbindungen innerhalb Europas.
Mit dem Auto erreicht man Lepe über die Autobahn A-49, die Sevilla mit Huelva und der portugiesischen Grenze verbindet. Regionale Buslinien verbinden Lepe mit umliegenden Städten wie Huelva, Ayamonte und Sevilla.
Im Stadtgebiet selbst bewegt man sich bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad. Für weitere Wege stehen Busse und Taxis zur Verfügung. Die flache Topographie der Stadt macht sie sehr zugänglich, auch für Menschen mit eingeschränkter Mobilität.