Moguer liegt in der Provinz Huelva im Südwesten Spaniens, in der autonomen Gemeinschaft Andalusien. Die Stadt befindet sich nur rund 20 Kilometer von der Provinzhauptstadt Huelva entfernt und etwa eine Stunde von der andalusischen Metropole Sevilla. Die Nähe zum Atlantik und zur Küste der „Costa de la Luz“ macht Moguer besonders attraktiv für Besucher.
Die Region ist flach bis leicht hügelig, mit vielen Feldern und Obstplantagen – insbesondere Erdbeerfelder, für die die Gegend bekannt ist. In unmittelbarer Nähe liegt der Fluss Río Tinto, der durch sein eisenhaltiges, rötliches Wasser ein einzigartiges Naturphänomen darstellt. Auch der berühmte Nationalpark Doñana ist nur wenige Kilometer entfernt und ein beliebtes Ziel für Ausflüge und Ökotourismus.
Das Klima in Moguer ist mediterran mit atlantischem Einfluss: milde Winter, heiße Sommer und viele Sonnentage machen die Stadt zu einem ganzjährigen Reiseziel. Besonders empfehlenswert sind die Monate März bis Juni und September bis November, wenn die Temperaturen angenehm und die Natur in voller Blüte ist.