Moguer ist gut erreichbar über die Autobahn A-49, die Huelva mit Sevilla verbindet. Der nächstgelegene größere Flughafen ist der Flughafen Sevilla (ca. 100 km entfernt), von dem aus zahlreiche nationale und internationale Verbindungen bestehen.
Busverbindungen nach Huelva und weiteren Städten der Umgebung ermöglichen eine einfache Anreise mit öffentlichen Verkehrsmitteln. Wer mit dem Zug reist, kann den Bahnhof von Huelva nutzen und von dort mit dem Bus oder Taxi weiterfahren.
Innerhalb der Stadt lässt sich vieles zu Fuß oder mit dem Fahrrad erkunden. Für Ausflüge in die Umgebung stehen Mietwagen, Taxis oder geführte Touren zur Verfügung. Die übersichtliche Größe der Stadt macht Mobilität einfach und angenehm.