Die Wirtschaft von Moguer wird hauptsächlich durch die Landwirtschaft bestimmt, insbesondere durch den Anbau von Erdbeeren, die in ganz Europa exportiert werden. Die fruchtbaren Böden und das milde Klima bieten ideale Bedingungen für den Obstanbau. In der Erntesaison kommen viele saisonale Arbeitskräfte in die Region.
Neben der Landwirtschaft spielt auch der Weinanbau eine Rolle, insbesondere die Herstellung von Likörweinen und lokalen Spezialitäten. Kleine Handwerksbetriebe und Familienunternehmen produzieren zudem Honig, Olivenöl und Kunsthandwerk.
Der Tourismus hat in den letzten Jahren zunehmend an Bedeutung gewonnen. Kultureller und ökologischer Tourismus sowie Veranstaltungen rund um Literatur, Kulinarik und Traditionen fördern die wirtschaftliche Diversifizierung der Stadt.