Die Architektur in San Juan del Puerto ist typisch andalusisch: weiß getünchte Häuser mit schmiedeeisernen Balkonen, enge Gassen und mit Orangenbäumen gesäumte Plätze. Die bedeutendste Kirche der Stadt, die Iglesia Parroquial de San Juan Bautista, stammt aus dem 16. Jahrhundert und kombiniert Renaissance- und Barockelemente.
Sehenswert ist auch das Aussichtsplateau am Río Tinto, von dem aus man einen faszinierenden Blick auf die außergewöhnliche Flusslandschaft genießen kann. Verschiedene Spazier- und Wanderwege führen durch die ländliche Umgebung, vorbei an Olivenhainen, Feldern und traditionellen Bauernhöfen.
Ein weiterer Anziehungspunkt ist das Kulturzentrum der Stadt, in dem regelmäßig Ausstellungen, Konzerte und Theateraufführungen stattfinden. Die Nähe zu Huelva bietet zusätzlich die Möglichkeit, Museen wie das Museum von Huelva oder das Kolumbusdenkmal bei La Rábida zu besuchen.