San Juan del Puerto liegt im Südwesten Spaniens, in der autonomen Region Andalusien, nur etwa 12 Kilometer von der Provinzhauptstadt Huelva entfernt. Die Stadt befindet sich in einer fruchtbaren Ebene nahe dem Fluss Río Tinto, dessen rötliche Färbung ihm den Beinamen „Marsfluss“ eingebracht hat. Die Nähe zum Atlantik (rund 25 km entfernt) verleiht der Region ein angenehmes Klima und eröffnet vielfältige Freizeitmöglichkeiten in der Natur.
Dank der strategischen Lage zwischen Huelva und Sevilla (etwa eine Stunde mit dem Auto entfernt) ist die Stadt gut erreichbar und bietet gleichzeitig Zugang zu beeindruckenden Naturgebieten wie dem Nationalpark Doñana oder den Stränden der Costa de la Luz. Diese Vielfalt macht San Juan del Puerto zu einem attraktiven Ziel für naturverbundene Besucher und Erholungssuchende.
Das Klima ist mediterran mit atlantischen Einflüssen: Milde Winter, heiße, trockene Sommer und viele Sonnenstunden im Jahr. Die beste Reisezeit liegt zwischen März und Juni sowie im September und Oktober, wenn die Temperaturen angenehm sind und zahlreiche Veranstaltungen stattfinden.