San Juan del Puerto blickt auf eine lange und vielfältige Geschichte zurück. Erste Besiedlungen lassen sich bis in die Römerzeit zurückverfolgen, während die maurische Herrschaft in Andalusien der Region kulturelle und architektonische Spuren hinterlassen hat. Nach der Rückeroberung durch die Christen entwickelte sich der Ort zu einem wichtigen landwirtschaftlichen Zentrum in der Umgebung von Huelva.
Kulturell ist die Stadt tief in den andalusischen Traditionen verwurzelt. Die Romería de los Remedios, eine der wichtigsten religiösen Prozessionen der Region, zieht jedes Jahr viele Besucher und Einheimische an. Auch die Semana Santa (Karwoche), Dorffeste und Flamencoabende spielen eine zentrale Rolle im kulturellen Leben der Stadt.
San Juan del Puerto legt großen Wert auf den Erhalt lokaler Bräuche und bietet daher regelmäßig Märkte, Musik- und Tanzveranstaltungen sowie Ausstellungen mit Bezug zur regionalen Geschichte. Zahlreiche Denkmäler und Kapellen zeugen von der tiefen spirituellen Verwurzelung und geben Einblicke in die bewegte Vergangenheit.