San Juan del Puerto ist hervorragend in das Verkehrsnetz Andalusiens eingebunden. Über die Autobahn A-49 ist die Stadt sowohl mit Huelva als auch mit Sevilla verbunden. Der nächstgelegene internationale Flughafen befindet sich in Sevilla (ca. 90 km entfernt), mit zahlreichen Verbindungen in ganz Europa.
Die Stadt verfügt über einen eigenen Bahnhof mit Regionalverbindungen nach Huelva und Sevilla, was sowohl für Touristen als auch für Veranstalter von Events sehr attraktiv ist. Ergänzt wird das Angebot durch regionale Buslinien, die für Mobilität im Umland sorgen.
Innerhalb des Stadtgebiets ist alles bequem zu Fuß erreichbar. Die kompakten Strukturen, gut ausgebaute Wege und die Nähe der wichtigsten Einrichtungen machen San Juan del Puerto zu einer sehr benutzerfreundlichen Stadt für Veranstaltungen aller Art.