Die Wirtschaft von San Juan del Puerto basiert traditionell auf der Landwirtschaft, insbesondere dem Anbau von Zitrusfrüchten, Oliven und Getreide. Auch die Viehzucht und die Produktion landwirtschaftlicher Erzeugnisse spielen eine bedeutende Rolle und prägen das wirtschaftliche Leben der Gemeinde.
Zunehmend entwickelt sich auch der ländliche Tourismus zu einem wichtigen Wirtschaftszweig. Gäste können in Landhäusern übernachten, an Verkostungen regionaler Produkte teilnehmen oder an landwirtschaftlichen Aktivitäten teilhaben – eine ideale Kombination für Erlebnis- und Genusstouristen.
Daneben existieren kleinere Handwerksbetriebe, insbesondere im Bereich Keramik, Holzverarbeitung und Textilien. Die Stadtverwaltung fördert lokale Unternehmen und nachhaltige Entwicklung, was sich in einer dynamischen Wirtschaftsentwicklung und wachsenden Beschäftigungsmöglichkeiten widerspiegelt.