Baeza ist gut mit dem Auto erreichbar. Die Autobahn A-32 verbindet die Stadt mit größeren Verkehrsachsen und ermöglicht eine zügige Anreise aus Richtung Jaén, Madrid oder Granada. Der nächstgelegene Bahnhof ist Linares-Baeza, etwa 15 Kilometer entfernt, von dem aus regelmäßig Züge in verschiedene Richtungen verkehren.
Die nächstgelegenen Flughäfen befinden sich in Granada (ca. 130 km), Málaga (ca. 190 km) und Madrid (etwa 300 km), die alle per Auto oder mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichbar sind. Viele Hotels bieten zudem Transferservices an.
Innerhalb der Stadt kommt man bequem zu Fuß voran – die historischen Sehenswürdigkeiten liegen nah beieinander. Es gibt auch lokale Busverbindungen und Taxis, die den innerstädtischen Verkehr ergänzen.