Las Cabezas de San Juan liegt im Herzen der Provinz Sevilla in Andalusien, etwa 60 Kilometer südlich der Provinzhauptstadt Sevilla. Die Stadt befindet sich in einer fruchtbaren Ebene in der Nähe des Flusses Guadalquivir, einer der wichtigsten Wasserstraßen Spaniens.
In der Nähe befinden sich bedeutende Städte wie Jerez de la Frontera, bekannt für Flamenco und Sherry-Weine, sowie die Strände der Atlantikküste, die in etwa einer Stunde erreichbar sind. Auch die Sierra de Cádiz mit ihren charmanten weißen Dörfern liegt nicht weit entfernt.
Das Klima ist mediterran mit sehr heißen Sommern und milden Wintern. Die besten Reisezeiten sind der Frühling (April bis Juni) und der Herbst (September bis Oktober), wenn die Temperaturen angenehm und die Natur besonders schön sind.