San Juan de Aznalfarache ist hervorragend angebunden. Der internationale Flughafen Sevilla (Aeropuerto de Sevilla-San Pablo) ist nur etwa 20 Autominuten entfernt und bietet zahlreiche nationale und internationale Flugverbindungen.
Die Stadt verfügt über zwei U-Bahn-Stationen (San Juan Alto und San Juan Bajo), die eine schnelle Verbindung ins Zentrum von Sevilla ermöglichen. Darüber hinaus verbinden mehrere Buslinien San Juan mit anderen Städten und Gemeinden der Region.
Innerhalb der Stadt sind die Wege kurz, und es stehen Taxis, Fahrradwege sowie gut ausgebaute Fußgängerbereiche zur Verfügung, was die Fortbewegung angenehm und einfach gestaltet.