Die Wirtschaft von San Juan de Aznalfarache profitiert stark von der Nähe zu Sevilla. Viele Einwohner pendeln täglich in die Hauptstadt und arbeiten in den Bereichen Dienstleistungen, Handel und Verwaltung.
Innerhalb der Stadt floriert der lokale Einzelhandel, kleine Handwerksbetriebe und Dienstleistungsunternehmen. Besonders bemerkenswert ist die traditionelle Keramikproduktion sowie handgefertigte Textilwaren, die auf lokalen Märkten verkauft werden.
Tourismus und Eventwirtschaft gewinnen zunehmend an Bedeutung, unterstützt durch städtische Investitionen in Infrastruktur und kulturelle Angebote.