Santa Margarita befindet sich im Nordosten Mallorcas, etwa 50 Kilometer nordöstlich der Hauptstadt Palma. Das Gemeindegebiet erstreckt sich vom Inland bis an die Küste und umfasst auch die bekannten Ortsteile Can Picafort und Son Serra de Marina.
Die Landschaft ist geprägt von flachen Ebenen, weitläufigen Feldern, Olivenhainen und Mandelbäumen. Die Küstenlinie der Gemeinde bietet einige der schönsten Strände der Insel, darunter der naturbelassene Abschnitt von Son Serra de Marina und der feinsandige Playa de Muro.
Das Klima ist typisch mediterran: heiße, trockene Sommer und milde, feuchte Winter. Die besten Reisezeiten sind das Frühjahr und der Herbst, wenn die Temperaturen angenehm sind und die Landschaft in voller Blüte steht – ideal für Outdoor-Veranstaltungen, Wanderungen oder Radtouren.