Alayor liegt im südöstlichen Teil von Menorca, einer der vier großen Baleareninseln Spaniens im Mittelmeer. Obwohl Alayor nicht direkt an der Küste liegt, ist sie nur wenige Kilometer von atemberaubenden Stränden wie Son Bou, Cala en Porter und Cales Coves entfernt.
Die Stadt befindet sich in einer leicht erhöhten Lage, die herrliche Ausblicke über das fruchtbare Umland ermöglicht. In der Nähe liegt Maó (Mahón), die Hauptstadt Menorcas, die auch den internationalen Flughafen beherbergt – nur etwa 15 Minuten Autofahrt entfernt.
Das Klima ist typisch mediterran: warme, trockene Sommer und milde, feuchte Winter. Die beste Reisezeit ist von Mai bis Oktober, wenn sonnige Tage und angenehme Temperaturen ideale Bedingungen für Veranstaltungen im Freien, Sightseeing und Stranderlebnisse bieten.