Guernica ist gut an das regionale Verkehrsnetz angeschlossen. Die Stadt liegt an der Eisenbahnstrecke von Euskotren, die sie mit Bilbao und Bermeo verbindet – Züge verkehren regelmäßig und bieten eine bequeme und malerische Anreise.
Der Flughafen Bilbao ist nur etwa 35 Minuten mit dem Auto entfernt und bietet Verbindungen zu vielen europäischen Großstädten. Auch über das Straßennetz (BI-635 und AP-8) ist Guernica leicht erreichbar.
Innerhalb der Stadt kommt man bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad voran. Busse verkehren zwischen den Stadtteilen sowie in die umliegenden Ortschaften. Die kompakte Größe Guernicas macht die Fortbewegung angenehm und stressfrei.