Andoain ist hervorragend an das Verkehrsnetz angeschlossen. Mit dem Zug (Euskotren) erreicht man San Sebastián in weniger als 25 Minuten. Es bestehen auch regelmäßige Busverbindungen in umliegende Städte.
Der nächstgelegene Flughafen ist der Flughafen San Sebastián in Hondarribia, etwa 30 Kilometer entfernt. Der internationale Flughafen Bilbao ist in etwa einer Stunde erreichbar und bietet Verbindungen in zahlreiche europäische Städte.
Innerhalb der Stadt lässt sich alles bequem zu Fuß oder mit dem Fahrrad erkunden. Das öffentliche Verkehrsnetz ist gut ausgebaut, und es gibt ein Netz von Radwegen sowie Wanderwegen, die auch zu den nahegelegenen Naturgebieten führen.