Azkoitia ist trotz seiner ländlichen Lage gut erreichbar. Der nächste größere Flughafen befindet sich in Bilbao, etwa 75 Kilometer entfernt. Auch der Flughafen San Sebastián ist eine Option, wenn auch mit begrenzterer internationaler Anbindung.
Die Stadt ist durch ein gut ausgebautes Straßennetz mit den umliegenden Orten verbunden. Regelmäßige Busverbindungen ermöglichen eine Anreise aus San Sebastián, Azpeitia oder sogar Bilbao. Eine direkte Bahnverbindung gibt es nicht, jedoch liegt der Bahnhof in Azpeitia nur wenige Kilometer entfernt.
Innerhalb der Stadt lässt sich alles bequem zu Fuß erreichen. Radwege und geplante Mobilitätsinitiativen fördern den umweltfreundlichen Stadtverkehr. Azkoitia investiert zunehmend in nachhaltige Mobilität und urbane Infrastruktur.