Die Wirtschaft von Azkoitia basiert traditionell auf der Metall- und Maschinenbauindustrie. Viele kleine und mittlere Unternehmen sind in der Stadt angesiedelt und produzieren hochwertige mechanische Komponenten, die in ganz Europa exportiert werden.
Neben dem industriellen Sektor spielt auch die Landwirtschaft weiterhin eine Rolle – insbesondere die Viehzucht und die Herstellung von Milchprodukten. Azkoitia ist bekannt für seine handwerklich hergestellten Käsesorten und Fleischwaren, die regional und überregional geschätzt werden.
Der Tourismus entwickelt sich zunehmend zu einem wirtschaftlichen Faktor, insbesondere in den Bereichen Kulturtourismus, religiöser Tourismus (durch den Ignatiusweg) und Naturerlebnisreisen. Die Stadt bemüht sich aktiv, nachhaltigen Tourismus zu fördern.