Elgóibar liegt im Norden Spaniens im Baskenland, genauer gesagt in der Provinz Gipuzkoa. Die Stadt befindet sich im Deba-Tal und ist von grünen Hügeln und Bergen umgeben. Die geographische Lage in einem engen Tal verleiht ihr eine besondere landschaftliche Schönheit.
In unmittelbarer Nähe liegen die Küstenstädte Deba und Zumaia, die für ihre Strände und spektakulären Klippen bekannt sind. Auch die berühmten Städte Bilbao (ca. 45 km entfernt) und San Sebastián (ca. 50 km entfernt) sind schnell erreichbar, was Elgóibar zu einem strategisch günstig gelegenen Ausgangspunkt macht.
Das Klima ist ozeanisch, geprägt von milden Wintern und angenehm frischen Sommern. Durch die häufigen Regenfälle bleibt die Umgebung das ganze Jahr über üppig grün. Die beste Reisezeit ist zwischen Mai und Oktober, wenn das Wetter stabil und die Temperaturen angenehm sind.