Hernani ist hervorragend an das Verkehrsnetz angeschlossen. Der nächstgelegene Flughafen ist San Sebastián Airport, etwa 25 km entfernt. Die Flughäfen in Bilbao und Biarritz sind in rund einer Stunde mit dem Auto erreichbar und bieten internationale Verbindungen.
Die Stadt liegt an der Zuglinie von Renfe und Euskotren und ist mit regelmäßigen Zug- und Busverbindungen mit San Sebastián und anderen Orten in Gipuzkoa verknüpft. Auch für Reisende mit dem Auto ist Hernani durch seine Nähe zur Autobahn AP-8 leicht erreichbar.
Innerhalb der Stadt lässt es sich gut zu Fuß oder mit dem Fahrrad bewegen. Öffentliche Verkehrsmittel wie Buslinien verbinden alle wichtigen Stadtteile, und es gibt moderne Taxi- und Fahrdienstangebote. Für Besucher ist Hernani somit bequem und unkompliziert zu bereisen.