Oñate ist mit dem Auto sehr gut erreichbar. Die nächstgelegenen größeren Städte mit Bahnhöfen sind Arrasate-Mondragón und Vitoria-Gasteiz. Die Autobahn AP-1 verbindet die Region mit dem spanischen Fernstraßennetz.
Die nächstgelegenen Flughäfen befinden sich in Vitoria (ca. 45 Minuten), Bilbao (ca. 1 Stunde) und San Sebastián (etwa 1 Stunde 15 Minuten). Von dort aus gibt es Busverbindungen oder Mietwagenmöglichkeiten nach Oñate.
Innerhalb der Stadt sind die Wege kurz – viele Sehenswürdigkeiten lassen sich bequem zu Fuß erreichen. Für weiter entfernte Ausflugsziele gibt es örtliche Busse und private Shuttle-Dienste.