Pájara liegt im Südwesten der Insel Fuerteventura, die zu den östlichen Kanarischen Inseln gehört. Die Gemeinde erstreckt sich entlang einer spektakulären Atlantikküste mit langen Sandstränden, geschützten Buchten und beeindruckenden Bergketten im Landesinneren.
Zu den bekanntesten geografischen Merkmalen gehört die Halbinsel Jandía mit dem höchsten Berg der Insel, dem Pico de la Zarza (807 m). Auch der Naturpark Jandía liegt im Gemeindegebiet. Die Hauptorte der Region sind Morro Jable, Costa Calma und La Pared.
Das Klima ist ganzjährig mild und trocken mit Temperaturen zwischen 20°C und 28°C. Regen fällt nur selten, meist in den Wintermonaten. Die beste Reisezeit reicht von März bis November, wobei auch die Wintermonate dank des milden Klimas für Reisen und Veranstaltungen bestens geeignet sind.