Pájara ist über den Flughafen Fuerteventura (FUE), etwa 80 km nördlich gelegen, gut erreichbar. Der Flughafen bietet regelmäßige Verbindungen zu vielen europäischen Großstädten und spanischen Festlandmetropolen.
Innerhalb der Gemeinde verkehren öffentliche Busse (Betrieben von Tiadhe), die wichtige Orte wie Morro Jable, Costa Calma und Pájara miteinander verbinden. Für individuelle Mobilität empfiehlt sich die Anmietung eines Autos.
Die Straßeninfrastruktur ist gut ausgebaut, was die Erkundung der weitläufigen Region komfortabel macht. In den touristischen Zentren gibt es zahlreiche Taxis und Radverleihe, sodass auch Besucher ohne eigenes Fahrzeug flexibel bleiben.