San Sebastián ist durch den Hafen sehr gut mit den anderen Kanarischen Inseln verbunden. Tägliche Fährverbindungen bestehen vor allem nach Los Cristianos auf Teneriffa, was auch eine schnelle Anreise vom Flughafen Teneriffa Süd ermöglicht.
La Gomera besitzt zudem einen eigenen Flughafen (Aeropuerto de La Gomera), etwa 35 Autominuten von der Hauptstadt entfernt. Von hier aus bestehen regelmäßige Flugverbindungen nach Teneriffa Nord und Gran Canaria.
Innerhalb der Stadt kommt man bequem zu Fuß voran. Für Ausflüge auf der Insel stehen Busverbindungen (GuaguaGomera), Taxis und Mietwagen zur Verfügung. Auch das Radfahren gewinnt zunehmend an Beliebtheit.