Die Wirtschaft San Sebastiáns basiert hauptsächlich auf Tourismus, Landwirtschaft und Handel. Als Hauptstadt der Insel beherbergt die Stadt viele Verwaltungsstellen und Dienstleistungsbetriebe. Der Hafen ist sowohl wirtschaftlich als auch infrastrukturell von großer Bedeutung, da er Waren- und Personenverkehr mit den anderen Inseln ermöglicht.
Im landwirtschaftlichen Bereich sind besonders Bananen, Avocados, Papayas sowie Wein und Palmhonig hervorzuheben. Viele dieser Produkte werden direkt auf lokalen Märkten angeboten.
Der Tourismus konzentriert sich auf nachhaltige Formen wie Wandertourismus, Naturerlebnisse und kulturelle Entdeckungen. Zahlreiche kleine Betriebe bieten Unterkünfte, Führungen oder handgefertigte Produkte an. Auch digitale Nomaden entdecken zunehmend die Vorteile der ruhigen und dennoch gut angebundenen Stadt.